El convento de Santa Catalina de Siena en Arequipa, Perú, se funda en 1579 con la autorización del virrey Francisco de Toledo, que otorga la licencia necesaria a doña María de Guzmán, viuda de Diego Hernández de Mendoza, que decide recluirse en un convento a la muerte de su esposo. El cabildo de la ciudad la nombra como la "Primera pobladora y priora de dicho Monasterio".
Las mujeres que ingresaron como religiosas al monasterio fueron criollas y mestizas que pertenecían a familias con recursos económicos. Para el ingreso de las llamadas "monjas pobres", los vecinos de la ciudad conseguían el pago de las dotes a partir de colectas. A mediados del siglo XVIII, el convento, que se conocía como "La Ciudadela", contaba con 300 mujeres de hábito y doncellas de servicio.
En 1871, el Papa Pío IX envió a una religiosa dominica, la hermana Josefa Cadena, a reformar la vida de las religiosas del convento, para que no hubiera privilegios y fueran más austeras en su forma de vida.
A partir de 1970, las religiosas decidieron abrir el convento al público, para que pudiera ser visitado. Ellas en la actualidad viven en un área del edificio donde se conserva la clausura. Una empresa privada administra el conjunto conventual en acuerdo con la comunidad de religiosas, que ahora son 20.
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