La Pinacoteca alberga 400 piezas, entre pinturas y objetos de la época, predominan los cuadros de la Escuela Cusqueña, sus obras son producto de la fusión de las culturas incaica y española, cuya máxima expresión florece entre el siglo XVII y XVIII.
Hay una serie de 34 cuadros con la vida de santa Catalina de Siena (Siena, 1347 - Roma, 1380) de autor desconocido, de la Escuela Cusqueña. En la última ala de la Pinacoteca destacan dos cuadros del siglo XVIII de la Escuela Cusqueña: La representación del Señor de los Temblores y Santo Domingo y la Virgen María con el niño Jesús.